Türkennot und Pest - 16. und 17. Jahrhundert Dem Türkensturm des Jahres 1529 fielen die Othmarkirche und viele Mödlinger Häuser zum Opfer. Auch die Burg Mödling wurde zerstört.  Da der Markt wohlhabend war, konnten viele Bürgerhäuser bald wieder aufgebaut werden. Die Schranne wurde 1548 als Gerichtsschranne wiedererrichtet und erhielt fünf Renaissance-Arkadenbögen, von denen beim heutigen Rathaus allerdings zwei zugemauert sind. Im Kellerbereich befand sich in der damaligen Gerichts- schranne ein niedriges Verlies, in dem die Häftlinge nicht einmal stehen konnten. Es ist heute durch ein Glasfenster im Boden zu sehen. 1607 erhielt der Markt Mödling ein eigenes Landgericht. Es wurden zahlreiche Grenzsteine gesetzt und der erste Plan von Mödling gezeichnet, der Burgfriedensplan von 1610. In das 17. Jahrhundert fällt auch die Gründung des Mödlinger Kapuzinerklosters. 1631 entstanden die Kirche und der anschließende Klosterbau. Das heutige Museumsgebäude (das ehemalige Thonetschlössl) zeigt noch die Gewölbe des alten Kirchenschiffes, eine Seitenkapelle und die Sakristei. 1679 wütete in Mödling die Pest und forderte unzählige Todesopfer.  Die Leichen wurden außerhalb des Ortes in der Nähe des Pestspitals (Eisentorgasse 12) in Massengräbern mit Kalk übergossen und verscharrt. Vor dem verheerenden Türkensturm von 1683 flohen die meisten Mödlinger rechtzeitig in die Wälder. am 12. Juli 1683 dürfte es in Mödling zum Endkampf gekommen sein. Das 17. Jahrhundert brachte durch die Auswirkungen des 30- jährigen Krieges auch für Mödling einen Niedergang. Zu Anfang des Jahrhunderts wurden noch 274 Häuser gezählt, Mitte des Jahrhunderts nur mehr 192, von denen aber der größte Teil baufällig war.
JOSEPH II. Gegen Ende des 18. Jahrhunderts gab es auch in Mödling bedeutsame gesellschaftliche und soziale Veränderungen. 1785 erhielt Mödling anstelle eines Marktrichters einen Bürgermeister (Theodor Vöckl). So wurde die Ortsverwaltung von der Gerichtsbarkeit getrennt. In diesem Jahr wurde auch durch Joseph II. das Mödlinger Kapuzinerkloster – das heutige Museum Mödling – wegen der angeblichen Existenz eines Klosterkerkers aufgehoben. Zwei Mönche sollen wegen geringer Vergehen jahrelang in lichtlosen Kerkerzellen gelegen sein. 1786 fand das letzte Begräbnis auf dem Friedhof bei der Othmarkirche statt. Von da an benutzte man den Friedhof um die St. Martinskirche, bis 1876 am Fuß des Eichkogels der neue Friedhof errichtet wurde. Im Jahre 1795 wurde wegen der Unsicherheit in der Umgebung die erste Nachtbeleuchtung installiert. Das Licht von den neuen Laternen sollte Gesindel abschrecken.
Biedermeier Nach dem Ende der napoleonischen Kriege und dem darauffolgenden Wiener Kongress 1914/15 wuchs die allgemeine Tendenz zur Teilnahme des Bürgertums an den Fragen des politischen Lebens.  Frühe Industrien entwickelten sich noch auf dem Boden der überlieferten Ständeordnung. Die relative Ruhe nach dem Friedensschluss bewirkte, dass im persönlichen häuslichen Kreis der Bürger das Bedürfnis nach Schönheit und Behaglichkeit  eine große Rolle zu spielen begann. Künstler entdeckten die umgebende Natur als Objekt für stimmungsvolle Gemälde. Man reiste auch wohl in die "Sommerfrische" und genoss Wald- und Wiesenlandschaft, als Ort seelischer Erholung. Der Begriff “Biedermeier” bezeichnet die Stilrichtung, die besonders deutlich in Bildern von niederösterreichischen Städten und Landschaften zum Ausdruck kommt. Bedeutsamere Künstler dieser Zeit waren: Friedrich Gauermann, F. G. Waldmüller, Peter Fendi, L. F. Schnorr von Carolsfeld und Vinzenz Reim. Es wurden Möbelstücke entworfen, die im Gegensatz zur vergangenen Stilepoche des “Empire” dem Wunsch nach Schlichtheit und Bequemlichkeit entsprachen. Zur gleicher Zeit begannen liberal denkende Menschen Kritik an der Obrigkeit zu üben, die alte Ordnung in Frage zu stellen. (1830 Revolution in Frankreich, 1848 Aufstand in Wien und Berlin ). Der Aufbruch in die industrielle Revolution stand bevor.
Barock Die Stilrichtung des Barock trat im 16. und 17. Jhd. auf. Architektonische Elemente (Nischen, Kuppeln, Emporen) erzeugen mit geschwungenen Linien, mit der Stuckdekoration und aufwendiger Malerei eine dekorative Raumwirkung. Am Mödlinger Freiheitsplatz  befindet sich eine barocke Pestsäule aus dem Jahre 1714. Die Othmarkirche hat teilweise eine barocke Einrichtung, von der das Museum mehrere Figuren beherbergt.
Gerichtskreuz
Kunstvoll geschmiedetes Türschloss mit eingeschnittenem Doppeladler mit volkstümlichem Herzornament, Ende 17. Jhd.
Die Breite Föhre in der berühmten biedermeierlichen Darstellung von L. F. Schnorr von Carolsfeld.
Pestkreuz (Zachariaskreuz), aufgefunden in der Gruft der Othmarskirche
Zeitgenössisches Modell des Türkenmassakers bei der Othmarkirche
Zunftwesen Aus der Hauswirtschaft des Einzelnen, die zunächst alle Bedürfnisse deckte, ist durch die Mehrerzeugung über den Eigenbedarf das Handwerk hervorgegangen. Die Loslösung des Vertriebes der Artikel von ihrer  Erzeugung als eigene Tätigkeit schafft neben dem Gewerbestand den Handelsstand. Eines der am frühesten entwickelten Gewerbe ist das der Müller. 1343 sind bereits zwei Mühlen belegt, im 15. Jahrhundert gab es im Bereich Mödling sieben Mühlen. Müller, Bäcker und Fleischhauer und später etliche andere Gewerbe haben sich zu Zünften (Zechen) zusammengeschlossen. Von diesen wurden Zechordnungen aufgestellt, die Vererbung des Handwerks, Gerichtsbarkeit und Bestellung des Zechmeisters regelten. Das Mödlinger Museum beherbergt eine Menge von Sammelobjekten, die sich auf das Handwerk und das Zunftwesen beziehen, darunter reich verzierte Zunfttruhen, Fahnen und kunstvoll geschmiedete Schlösser.
Truhe der Müllerzunft, 1688